到了5月28日，蒋百里率领部队占领安徽安庆，得知此时集结在合肥附近的孙传芳主力部队已经近20万人，此时就集结在合肥附近，蒋百里马上开始制定与敌人在合肥决战的战略部署。
6月1日，蒋百里指挥国防军东征一路军主力部队进攻安徽合肥，与防守合肥的孙传芳的军队展开了惨烈的城市攻防战。
6月8日，经过7个昼夜的鏖战，蒋百里指挥国防军彻底的铲除了合肥城外的所以敌军防线，敌人只得将军队收缩回合肥城内，依托合肥高厚的城墙进行被动防御作战。
6月11日，蒋百里指挥国防军部队攻入合肥城内，与孙传芳的军队在合肥城内展开了激烈的巷战，但是随着蒋百里收到了赵汉青派来支援蒋百里作战的——蛟龙突击队的成员们，合肥的战局便发生了迅速的变化，14日国防军逐渐清理掉盘踞在合肥城内的所有敌人，完全占领了合肥。
随后被围困住合肥城内的近10多万孙传芳的军队向蒋百里的一路军投降，合肥战事结束，这一站国防军一路军伤亡了近6000余人，打死打伤敌人3万余人，俘虏10万余人，其余的都跑路了。
合肥一战，国防军彻底的消灭了孙传芳的主力部队，在随后的半个月时间里，安徽的其余县城不是主动向国防军投诚，就是被国防军攻占，很快蒋百里指挥的一路军就完全占领安徽全境。
随着蒋百里在合肥消灭了孙传芳的部队主力，长江流域再也没有敌人可以威胁到国防军的敌人，随后蒋百里将手下的部队打散派出去，以营团为单位，迅速占领芜湖、铜陵、宿州、毫州，占领了安徽全境后，又继续向江苏、浙江等省份扩张，用不了多久长江流域的地盘就将完全进入国防军的口袋。
7月4日，蒋百里率领部队开进了南京城，受到了南京市民的热情欢迎，之后日子里，国防军又陆续占领了东南沿海城市苏州、镇江、杭州，当时身在杭州的孙传芳得知国防军这么快就打过来了，没有再想过抵抗，而是带着自己的妻子孩子，携带十几箱子金条逃到了上海，坐上远洋渡轮逃到美国去了。